Como muchos sabrán, en Fedora aproximadamente desde la versión 10 se quito el acceso de root al entorno gráfico, una de las razones es por que no es recomendable, Fedora usa para esto el modulo pam llamado pam_succeed_if.so, si quieres habilitar el acceso de root de nuevo, solo tienes que comentar ( colocando un numeral al principio de la linea ) en el archivo localizado en /etc/pam.d/gdm-password
la linea:
auth required pam_succeed_if.so user != root quiet
Si quieres agregar un usuario al bloqueo, solo tienes que agregar una linea similar en cualquier lado de ese archivo ( al final puede ser), sustituyendo lo que dice root por el nombre del login de dicho usuario, por ejemplo si tu usuario se llama pepe:
auth required pam_succeed_if.so user != pepe quiet
Nota: Esto solo sirve para el gestor de login gdm, para otros gestores de login como kdm o xdm, deben existir otros métodos y esto no necesariamente solo funciona en Fedora, perfectamente puede funcionar en otras si se tiene instalado el módulo de PAM requerido.